清朝統(tǒng)一新疆天山南北后，在全疆各地建立其統(tǒng)治機構(gòu)，行使中央政府對邊疆地區(qū)的主權(quán)。清朝對新疆的治理主要采用軍府制。在伊犁設(shè)置總統(tǒng)伊犁等處地方將軍，簡稱伊犁將軍，統(tǒng)轄新疆天山南北地區(qū)軍政事務(wù)。在烏魯木齊、塔爾巴哈臺、喀什噶爾、哈密等地分設(shè)都統(tǒng)、參贊大臣、辦事大臣、領(lǐng)隊大臣等官員，分管該地區(qū)軍政事務(wù)。這些駐防將軍、都統(tǒng)和大臣等多為滿洲或蒙古官員。所以，他們多用滿文書寫公文向皇帝請示匯報，皇帝也用滿文撰寫諭旨頒給有關(guān)官員。因此，在清代中央國家機關(guān)的滿文檔案內(nèi)保存下來了近10萬件新疆歷史資料，時間跨度長達250年。其內(nèi)容極其豐富，可謂包羅萬象，涉及面甚廣。主要包括職官、軍務(wù)、民政、司法、宗教、民族、財政、農(nóng)業(yè)、牧業(yè)、礦產(chǎn)、貿(mào)易、貨幣、教育、文化、衛(wèi)生、地理、交通、運輸、工程、外交以及重大歷史事件等方面情況，對歷史研究具有重要的意義，而且絕大部分未曾公布。

中國第一歷史檔案館

內(nèi)閣學(xué)士班第奏準(zhǔn)噶爾至今仍至巴里坤軍營搶劫馬匹令所屬官兵嚴加防范折

駐哈密辦事郎中文保等奏報哈密碧流圖卡倫被劫并增兵嚴加防守等事折

內(nèi)閣學(xué)士班第奏總兵樊廷擊敗準(zhǔn)噶爾兵旋即與庫舍圖會合并派人赴巴里坤軍營報告折

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《清代新疆滿文檔案匯編》對歷史研究具有重要的意義，而且絕大部分未曾公布。